Copia los archivos al servidor:

sudo mkdir -p /etc/ssl/mydomain/
sudo cp privatekey.pem cert_bundle.pem /etc/ssl/mydomain/

Si Apache está en un servidor Windows, la ruta más habitual es:

C:/Apache/conf/ssl/

Si generaste tu propia clave privada y tu fichero CSR, en este paso sólo tienes que proteger la clave privada de manera que sólo root la pueda leer:

sudo chmod 600 /etc/ssl/mydomain/certificado.key

Si utilizaste el procedimiento que en el que la clave privada la generó Harica, dispondrás de un fichero llamado privateKey.pem. Este fichero está protegido por una contraseña que elegiste al solicitar el certificado.

Para evitar que Apache te pida la contraseña cada vez que arranca, necesitarás quitarle la contraseña. Para ello ejecuta esta instrucción;

openssl rsa -in privateKey.pem -out privada_sin_clave.key

Protege la clave privada para que sólo root la pueda leer;

sudo chmod 600 /etc/ssl/mydomain/privada_sin_clave.key

Y borra el fichero privatekey.pem.

Abre el fichero de configuración del virtual host del dominio:

sudo nano /etc/apache2/sites-available/mydomain.conf

Añade o edita las siguientes líneas dentro del bloque: <VirtualHost *:443>

<VirtualHost *:443>
    ServerName mydomain.com
    ServerAlias www.mydomain.com

    DocumentRoot /var/www/html

    SSLEngine on
	SSLCertificateFile /etc/ssl/mydomain/cert_bundle.pem
	SSLCertificateKeyFile /etc/ssl/mydomain/privada_sin_clave.pem

</VirtualHost>

Los ficheros descargados por Harica incluyen la cadena y el certificado juntos en un mismo fichero cert_bundle. Si en tu caso los ficheros estuvieran separados utiliza en su lugar estas líneas:

SSLCertificateFile /etc/ssl/mydomain/certificado.pem
SSLCertificateKeyFile /etc/ssl/mydomain/privada_sin_clave.pem
SSLCertificateChainFile /etc/ssl/mydomain/cadena.pem

Habilita el módulo SSL y reinicia Apache.

sudo a2enmod ssl
sudo systemctl restart apache2

En un servidor Windows podrás reiniciar Apache desde la consola de servicios de Windows.

Salta al final de esta página para comprobar que todo funciona correctamente; Comprobaciones 

En este punto del procedimiento se dispone del certificado y de la clave privada en dos ficheros separados; certificado.pem y certificado.key

El primer paso que hemos de dar consiste en integrar estos dos archivos en un único fichero que contenga juntos el certificado y la clave privada:

openssl pkcs12 -export -in certificado.pem -inkey certificado.key -out certificado.p12

Como alternativa, existe una herramienta web de Harica que realiza esta misma tarea. La recomendación es no subir la clave privada a ninguna web, pero algunas personas preferirían este método:

Instalar el certificado en el servidor. Para ello ejecutaremos certlm o utilizaremos una consola genérica MMC a la que agregaremos el complemento Certificados para el equipo local.

En la rama Personal > Certificados, importaremos el fichero .p12 obtenido en el paso anterior.

También necesitaremos importar los certificados de las entidades intermedias.