Tal com estableix l'article 11.6 del Reial decret 99/2011, abans de la finalització del primer any, el doctorand elaborarà un pla d'investigació que inclourà almenys la metodologia a utilitzar i els objectius a aconseguir, així com els mitjans i la planificació temporal per a aconseguir-ho. Aquest pla es podrà millorar i detallar al llarg de la seua estada en el programa i ha d'estar avalat pel Director i pel tutor, sent recomanable la seua gestió abans de l'inici del procés d'avaluació anual (juny del curs matriculat).

El pla d'investigació haurà de carregar-se en l'eina informàtica “Gestió de tesi” (Menú "Fase d'elaboració / Sol·licitud pla d'investigació". Hauràs de completar diferents camps (títol, antecedents i estat actual, bibliografia, hipòtesi i objectius, metodologia a utilitzar, mitjans a utilitzar, planificació temporal i utilitat de la investigació…).

Una vegada sol·licitada l'aprovació, el pla serà revisat per la direcció de tesi i/o tutor/a. Una vegada Conformat per algun d'ells passarà a estudi i aprovació, si escau, per part de la Comissió Acadèmica del programa de doctorat.

Aquesta gestió, com qualsevol altra que es realitze a través d'eines informàtiques que parteixen d'una identificació prèvia de l'usuari, ha de considerar-se com assimilada a un procés documental. No ha de sol·licitar-se l'aprovació del pla d'investigació si existeixen dades incorrectes, com l'absència o assignació errònia de directors d'aquest. En cas que existisquen incorreccions s'ha de sol·licitar la seua esmena prèviament a la sol·licitud d'aprovació del pla d'investigació, bé a la Comissió Acadèmica responsable del programa de doctorat que es cursa, bé a l'Escola de Doctorat.