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El directorio home del usuario está montado en /home/grupo/usuario en todos los nodos de todos los clusters.
El sistema tiene programas de aplicación instalados que pueden ser utilizados por cualquier usuario. Se recomienda consultar la lista y el manual de uso de los mismos.
Para los usuarios que necesiten compilar sus aplicaciones, pueden hacerlo con los compiladores estándar de Linux (gcc/g77) y los compiladores Intel Fortran e Intel C/C.
Acceso básico
En Rigel estan instalados los compiladores de Intel y GNU.
Por defecto, el entorno de usuario está preparado para usar los compiladores GNU.
También las ordenes mpicc, mpif77 y mpif90 que se encuentran en el $PATH son versiones que usan OpenMPI y compiladores GNU.
Para usar los compiladores Intel en lugar de los GNU, basta con incluir esta linea en el fichero .bashrc del usuario:
| Bloque de código | ||
|---|---|---|
| ||
. /home/apps/envs/ompi/1.6.4/i13.1.117 |
Sistema de colas
Para que el uso del sistema sea lo mas efectivo posible, todos los trabajos de cálculo deben enviarse siempre por medio del gestor de colas.
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- Las colas definidas en este momento limitan el tiempo de ejecucion de un trabajo a un maximo de 144 horas y el tiempo total de cpu (numero de procesadores * tiempo de ejecucion ) a un maximo de 1000 horas. Estos parámetros se pueden ir modificando para optimizar el rendimiento del sistema.El cluster esta formado por 4 servidores Fujitsu RX500 de 32 cores / 265GB de RAM y 72 blades Fujitsu BX920 de 16 cores / 64GB de RAM. Todos los nodos tienen hyperthreading activado y por ello se admiten 32 tareas en los BX920 y 64 tareas en los RX500.
- Los procesadores de estos dos tipos de nodos son diferentes. En el caso del BX920 son Intel Xeon E5-2650 a 2.00GHz, y en el caso de los RX500 son Intel Xeon E7-4620 a 2.20GHz
Ejemplos de parámetros de qsub:
-pe mp 32 9 -l exclusive=true,h_rt=2:00:00,h_vmem=2g
(trabajo OpenMP que ocupa 1 cores de un mismo nodo BX920 durante 2 horas)
-pe mpi 128 9 -l exclusive=true,h_rt=2:00:00,h_vmem=2g
(trabajo MPI que ocupa 4 cores de diversos nodos BX920 durante 2 horas)
-cwd
(iniciar trabajo en directorio actual en lugar de $HOME)
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